Después de la creación de la República Federal de Centroamérica, se necesitaba que cada Estado tuviera su ejército para defender sus fronteras de cualquier invasión extranjera; la creación del Ejército de Honduras estuvo a cargo del Jefe de Estado Don Dionisio de Herrera.

La legendaria Batalla de La Trinidad tuvo lugar un 11 de noviembre 1827 liderada por Francisco Morazán, resaltando la figura del héroe y prócer hondureño, y que desde entonces y hasta su muerte, Morazán dominó la escena política y militar de Centroamérica.

En la Jefatura de Estado del Coronel José Antonio Márquez, ordena con fecha 12 de marzo de 1831 la creación de la primera Escuela Militar del Estado de Honduras, siendo sede el Cuartel San Francisco y dirigida por el colombiano Coronel Narciso Benítez, de esta escuela resultó egresado el Subteniente José Santos Guardiola futuro presidente de la nación, la escuela fue cerrada en 1837.

Tras la ocupación de Nicaragua por parte del ejército filibustero comandado por el estadounidense William Walker entre 1856 y 1857, el resto de la región centroamericana vio su integridad en peligro y decidió unir fuerzas en lo que en muchos países conocen como Guerra Nacional Centroamericana.

El General Manuel Bonilla Chirinos creía firmemente en la educación militar, por ello se creó reglamentos para darle más profesionalización al ejército, creando así la Ordenanza y Código Militar en 1906.

Este monumento histórico nació con el nombre de Cuartel de Veteranos por Decreto Ejecutivo Número 45, del 13 de febrero de 1913 emitido por el Presidente de la República General de División Don Manuel Bonilla Chirinos, siendo el Primer Comandante del Cuartel de Veteranos el General de Brigada Pio Sosa Fálope.

Bajo la administración del General Rafael López Gutiérrez, adquiere el primer avión militar, tipo Bristol F.2B Fighter, fabricado por la compañía inglesa British and Colonial Aeroplane Compañy, para pilotar dicho aeroplano se contrata al piloto aviador Iván Deán Lamb de origen norteamericano, realizando su primer vuelo en territorio nacional el lunes 18 de abril de 1921, fecha de nacimiento de la aviación en Honduras.

En 1924 una crisis política provoca el caos y conflicto entre los partidos políticos (Liberal y Nacional), desembocando en una sangrienta Guerra Civil. El motivo radicó en las elecciones de 1923, resultando los comicios favorables a Tiburcio Carías Andino. El presidente de ese momento, Don Rafael López Gutiérrez, quien en febrero de 1924 expiraba su mandato, no reconoció dichos comicios y se proclamó dictador.

Durante la administración del Dr. Vicente Mejía Colindres, se crea el Despacho de Aviación anexo a la Secretaría de Guerra, Marina y Aviación. Preliminarmente el 8 de abril de 1930 el Congreso Nacional mediante Decreto N° 217, aprueba la primera Ley de Aeronáutica. El 14 de abril de 1931 se sanciona el decreto N° 198 dando vida a la Escuela Nacional de Aviación.

El Presidente Tiburcio Carías Andino declaró la guerra a Japón el 8 de diciembre de 1941, a Italia y Alemania cuatro días después. La Fuerza Aérea Hondureña contaba con aviones tipo STINSON y NORTH AMERICAN NA-16, aeronaves con las cuales se realizaron 115 misiones de vuelos en busca de submarinos y buques nazis que causaban daños a convoyes de suministros. convirtiéndose así Honduras, junto a Brasil y México en los únicos países latinoamericanos que combatieron en la II Guerra Mundial.

El 21 de octubre de 1956 el Presidente Julio Lozano Díaz fue depuesto por los altos mandos militares de las Fuerzas Armadas de Honduras; Lozano previamente había emitido un Decreto con el cual disolvía el Congreso Nacional de Honduras y se autoproclama Jefe de Estado. Al ser depuesto Lozano, una Junta Militar tomo las riendas de la administración hondureña.

La causa principal para que la República de Nicaragua le haya declarado la guerra a la República de Honduras por espacio de 23 días en el año de 1957, fue el desconocimiento del Laudo Arbitral del Rey Alfonso XIII de España del 23 de diciembre de 1906. En mayo de 1957 el Ejército y la Fuerza Aérea Hondureña, estuvieron presente en la frontera para defender la integridad territorial en la zona de la Mosquitia, hoy departamento de Gracias a Dios.

El 9 de octubre de 1963, nace el Cuerpo Especial de Seguridad (CES) a iniciativa del Jefe de Estado Oswaldo López Arellano, siendo su primer director el General Alonzo Flores Guerra y dependiente del Ministerio de Defensa y Seguridad Pública. Las exigencias de la época obligaron a la institución a crear las dependencias de «Destacamento Rural» y la «Patrulla de Carreteras» en las delegaciones y sub-delegaciones departamentales de todo el país.

Honduras tiene su primera participación en la Operación de Paz en República Dominicana desde el 14 de mayo de 1965 hasta el 1 de agosto de 1966, con 250 efectivos, entre oficiales y tropa.

La Guerra con El Salvador, derivada de desacuerdos fronterizos e ideologías, donde murieron muchos civiles que se unieron al Ejército para contener el avance de las tropas invasoras. Todo finalizó en una tregua y luego con un fallo delimitando los límites fronterizos, emitido por el Tribunal de La Haya, Holanda en 1992.

La Organización de Estados Americanos negoció un alto al fuego la noche del 18 de julio que entró en vigor el 20 de julio. Las dos naciones firmaron el Tratado General de Paz en Lima (Perú) el 30 de octubre de 1980, por el cual la disputa fronteriza se resolvería en la Corte Internacional de Justicia de La Haya, Holanda: ello dio paso a la solución negociada del litigio fronterizo por el control de unos 450 kilómetros cuadrados, conocido como “Los Bolsones”, los cuales pasaron a formar parte del territorio hondureño, en detrimento del territorio salvadoreño.

El Huracán Fifí (posteriormente conocido como Huracán Orlene) fue un ciclón tropical catastrófico que cobró la vida de un estimado de más de 8,210 personas en Honduras en el mes de septiembre de 1974, en ese momento, Fifí fue considerado como uno de los peores eventos catastróficos ocurridos en la historia de Honduras. Las Fuerzas Armadas de Honduras, se movilizaron rápidamente realizaron operaciones humanitarias de rescate y protección a la población.

Como producto de los Acuerdos Militares llevados a cabo por los gobiernos de Honduras y los Estados Unidos de América para capacitar marineros y oficiales para el Cuerpo de Guardacostas de Honduras como parte integral del Ejército nacional, es así como el 14 de agosto de 1976 mediante acuerdo No.0725 se materializa y legaliza el nacimiento definitivo de la Fuerza Naval de Honduras.

La Junta Militar de Honduras de 1978-1980 depuso al General Juan Alberto Melgar Castro comenzando su gobierno desde el 8 de agosto de 1978 hasta el 27 de enero de 1980. 1. General de Brigada Policarpo Paz García, Jefe de la Junta Militar y Comandante del Ejército de Honduras. 2. Coronel de Aviación Domingo Antonio Álvarez Cruz, Comandante de la Fuerza Aérea Hondureña. 3. Teniente Coronel de Infantería Amílcar Zelaya Rodríguez, Comandante de la FUSEP (hoy Policía Nacional de Honduras).

Los gobiernos de Honduras de la década de los 80´s firmaron acuerdos con el gobierno de Estados Unidos de América para realizar Operaciones Conjuntas y ejercicios militares de las Fuerzas Armadas dentro del territorio nacional. Ante las amenazas que se daban en esa época.

El Doctor Roberto Suazo Córdova pronunció el juramento y asumió la presidencia de la República un 27 de enero de 1982, es así, donde se retorna al Sistema Democrático.

En el año de 1992, Honduras envió su primer contingente de 14 oficiales como observadores militares en la Operación de Paz en el Sahara Occidental, desempeñando como principales misiones en monitorear el cumplimiento del referéndum de cese del fuego. Se participó en la Operación de Paz en la República de Haití desde febrero de 1995 hasta el mes de enero de 1996 con dos contingentes denominados Agrupación Táctica Lempira con 120 efectivos, entre oficiales, suboficiales y tropa, conduciendo operaciones de estabilidad para crear un ambiente favorable para la realización de elecciones libres y justas.

En el año de 1997 los Ministros de Defensa de Guatemala, El Salvador, el Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas de Honduras y el Comandante en Jefe del Ejército de Nicaragua, con el propósito de continuar el proceso de Integración Militar en Centroamérica, proponen a sus respectivos Presidentes Constitucionales el proyecto de creación de la Conferencia de las Fuerzas Armadas Centroamericanas “CFAC”.

El traspaso se oficializó en una ceremonia solemne celebrada en la Academia Militar el 21 de octubre de 1997. El 28 de mayo de 1998, mediante el Decreto No. 156-98 se promulga la Ley Orgánica de la Policía Nacional, haciéndola dependiente de la Secretaría de Estado en el Despacho de Seguridad y asistida por 2 subsecretarías, de acuerdo con la Ley General de la Administración Pública y cuyo traspaso se materializó mediante la conformación de la Honorable Junta presidida por el señor Hernán Corrales Padilla.

El huracán Mitch fue uno de los ciclones tropicales más poderosos y mortales que se han visto en la era moderna, teniendo una velocidad máxima de vientos sostenidos de 290 km/h, pasando por América Central. Las Fuerzas Armadas de Honduras se hicieron presentes al servicio de la patria en ayuda de rescate y apoyo humanitario ante una nación golpeada.

La Reforma Constitucional de 1999 nos lleva a una transición de cargo de Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas de Honduras a Jefe de Estado Mayor Conjunto, sustentando la prevalencia del Estado de Derecho, la subordinación de las Fuerzas Armadas a la Autoridad Constitucional y la creación de un marco legal para el desarrollo de las actividades multidisciplinarias de la institución castrense.

En el mes de agosto de 2003, el Presidente Constitucional de la República de Honduras, Licenciado Ricardo Maduro envió tropas compuesta de 370 elementos de las fuerzas armadas hondureñas, personal técnico y soldados a Irak, en apoyo del contingente militar internacional liderado por los Estados Unidos de América.

Creada por el Congreso Nacional mediante Decreto No. 168-2013, inició con 1.000 hombres que fueron seleccionados de las diferentes fuerzas y entrenados para cumplir misiones de seguridad ciudadana en apoyo a la Policía Nacional, debido a la preocupación por los altos índices de delincuencia y criminalidad que enfrentaba el país.

Desde que empezó la pandemia en el 2019 y ante la alerta roja por la presencia de Coronavirus (COVID-19) en el 2020, las Fuerzas Armadas de Honduras, continúan con las diferentes misiones asignadas en operaciones militares en apoyo a la población, como parte del Sistema Nacional de Gestión de Riesgos (SINAGER), para evitar el contagio de este virus a nivel nacional.

Desde que empezó la pandemia en el 2019 y ante la alerta roja por la presencia de Coronavirus (COVID-19) en el 2020, las Fuerzas Armadas de Honduras, continúan con las diferentes misiones asignadas en operaciones militares en apoyo a la población, como parte del Sistema Nacional de Gestión de Riesgos (SINAGER), para evitar el contagio de este virus a nivel nacional.