La Secretaría de Defensa Nacional se creó con el nombre de Despacho de Guerra en la Constitución Política del Estado de Honduras del 11 de enero de 1839. En la Constitución del 23 de diciembre de 1880 apareció como Secretaría de Estado en el Despacho de Guerra y Relaciones Exterior; la Constitución Política del 14 de octubre de 1884 fue Suscrita por el Secretario de Estado en el Despacho de la Guerra y Encargada de la Instrucción Pública y Justicia.

En 1924 se nombró Despacho de Guerra y Marina, según el Decreto No. 7 del 10 de septiembre, cambiando mediante el Decreto No. 200 del 5 de abril de 1930 por Ministerio de Guerra, Marina y Aviación. El 24 de diciembre de 1954, por decreto Ley No.8, se le llamo Ministerio de Defensa y en 1963, mediante Decreto No. 20, Artículo 202, del 3 de junio de 1965, “Secretaría de Estado en el Despacho de Defensa Nacional y Seguridad Publica” el cual conservo hasta diciembre de 1996, cuando paso a denominarse “Secretaría de Estado en el Despacho de Defensa Nacional”, que es como se le conoce hoy en día.

En la Constitución de la República en su artículo 273 expresa “Las Fuerzas Armadas estarán constituidas por el Alto mando, Ejército, Fuerza Aérea, Fuerza Naval y los Organismos que determine su Ley Constitutiva”, En la Ley Constitutiva de las Fuerzas Armadas en su Artículo 20 expresa “El alto mando de las Fuerzas Armadas está constituido por el Presidente de la República en su carácter de Comandante General, El Secretario de Estado en el Despacho de Defensa Nacional y el Jefe del Estado Mayor Conjunto”. Al alto mando corresponderá fijar la política general de la defensa nacional.